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三亚亚特兰蒂斯水族馆的鱼类包括：鞭蝴蝶、长吻鼻鱼、多带蝴蝶、副刺尾鱼、海葵、海马、黄高鳍刺尾鱼、蓝绿光鳃、蓝纹蝴蝶、镰蝴蝶、牛角、六斑刺鲀、珊瑚、石斑鱼、石头鱼、鲀科鱼、心斑刺尾鱼、小丑鱼、熊猫龙、医生鱼等。

此外，水族馆还有鲨鱼、鳐鱼、水虎鱼、海鳗、水母，以及巨骨舌鱼等其他海洋生物。

1、七彩神仙鱼

七彩神仙鱼风度优雅，色彩斑斓，游姿曼妙，柔美绝俗。该鱼长约15-20cm，身体侧扁，彩虹般的红蓝条纹成扭曲状遍布全身，像一块巨大的玛瑙。七彩神仙鱼的背鳍及腹鳍亦特别发达，身上的花纹可一直延展到鳍上。尾部呈扇形，无色透明。患病的七彩神仙，经常能从尾部看出征兆。七彩神仙喜弱酸性软水，水草丰茂，木石叠嶂的幽静水域是它的理想栖息地点。七彩神仙鱼对水质要求极高，食性杂。

2、玻璃鲶

属鳅科和鲶科。鱼体透明如同玻璃，可以清晰数出体内的骨头数，犹如骨骼标本，故称之为“玻璃鲶鱼”。又名玻璃猫。身体各内脏被挤于前面，收藏于一银色袋中。嘴边有两条细长触须，一碰到食物，就可立即将食物吃进嘴里。游泳时，尾部较低，像跳舞一般。

3、鮟鱇

鮟鱇头部上方有个肉状突出，形似小灯笼，是由鮟鱇鱼的第一背鳍逐渐向上延伸形成的。小灯笼之所以会发光，是因为在灯笼内具有腺细胞，能够分泌光素，光素在光素酶的催化下，与氧作用进行缓慢的化学氧化而发光的。深海中有很多鱼都有趋光性，于是小灯笼就成了鮟鱇鱼引诱食物的利器。

4、非洲王子

非洲王子是一种如同鲈鱼一般的典型的鲈形目的体型的鱼。小型慈鲷，成年个体10~12cm，如同鲈鱼一般的典型的鲈形目的体型，体色橙黄，背鳍近边缘处有一条宽约2mm的黑色条纹非常清晰和显眼。雌雄同形，雄性个体稍大。(区别于市面上地摊杂鲷品种纯正的非洲王子鱼均带黑边，黑边越明显品相越佳，弱势鱼会在受强势鱼压制情况下变得脸部或身体部位发黑）

5、蓝纹蝴蝶鱼

蓝纹蝴蝶鱼（Chaetodon fremblii）又名蓝线蝶，蓝线锦蝶，属鲈形目、蝴蝶鱼科、蝴蝶鱼属，为一类热带珊瑚礁鱼类。蓝纹蝴蝶鱼多产于夏威夷海域，活动于珊瑚礁丰茂的地区，觅食各类有机物碎屑及珊瑚虫、海藻等，它们独特的花纹使得其作为观赏鱼受到人类的关注。

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