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国家重点生态功能区不是自然保护区，两者主要有以下区别：

一、目的不同

1、国家重点生态功能区

国家重点生态功能的设立是承担水源涵养、水土保持、防风固沙和生物多样性维护等重要生态功能，关系全国或较大范围区域的生态安全，保持并提高生态产品供给能力。

2、自然保护区

自然保护区是对有代表性的自然生态系统、珍稀濒危野生动植物物种的天然集中分布、有特殊意义的自然遗迹等保护对象所在的陆地、陆地水域或海域，依法划出一定面积予以特殊保护和管理的区域，以到达对保护对象集中保护的目的。

二、范围不同

1、国家重点生态功能区来源:https://faiemp.cn/bkjj/202412-19.html

国家重点生态功能区的面积较大，截至2016年09月29日国家重点生态功能区县市区数量为676个，占国土面积的比例53%来源:https://www.faiemp.cn/bkjj/202412-72.html?来源:https://ewtuny.cn/cshi/202412-62.html。

2、自然保护区来源:https://www.ewtuny.cn/xwzx/202412-133.html

自然保护区的面积要远小于国家重点生态功能区。2006年底，已建立各级自然保护区2349处，其面积约占国土面积的15%来源:https://ewtuny.cn/cshi/202501-179.html。来源:https://www.faiemp.cn/xwzx/202412-1.html

三、类别类型不同

1、国家重点生态功能区

国家重点生态功能区是指承担水源涵养、水土保持、防风固沙和生物多样性维护几个大类。如：南岭山地森林及生物多样性生态功能区、黄土高原丘陵沟壑水土保持生态功能区等等来源:https://ewtuny.cn/bkjj/202412-32.html。来源:https://ewtuny.cn/xwzx/202412-41.html

2、自然保护区

我国自然保护区分为3大类别，9个类型来源:https://www.faiemp.cn/xwzx/202412-79.html。

第一类是自然生态系统类，包括森林生态系统类型、草原与草甸生态系统类型、荒漠生态系统类型、内陆湿地和水域系统类型、海洋和海岸生态系统类型自然保护区；来源:https://ewtuny.cn/cshi/202412-131.html

第二类是野生生物类，包括野生动物类型和野生植物类型自然保护区；来源:https://ewtuny.cn/xwzx/202412-1.html

第三类是自然遗迹类，包括地质遗迹类型和古生物遗迹类型自然保护区。

百度百科-自然保护区

百度百科-国家重点生态功能区

人民网-福建新增9个国家重点生态功能区

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