携带BRCA1和BRCA2基因突变的个体患乳腺癌和卵巢癌的风险明显更高。有风险的家庭一直在寻求基于其突变携带者状态的基因检测和咨询，但直接测序的标准方法是劳动密集型的，昂贵的，而且它只针对BRCA1和BRCA2基因的一部分。一组加拿大科学家开发了一种新的测序方法，提供了一种更有效的BRCA1/2突变分析方法。他们的研究成果发表在九月份的《分子诊断学杂志》上。

“需要全面了解BRCA1/2基因型和相关的肿瘤表型，以建立靶向治疗，”首席研究员Hilmi Ozcelik博士指出，他来自加拿大安大略省多伦多西奈山医院Samuel Lunenfeld研究所Fred A. Litwin癌症遗传学中心。“最近的研究表明，某些化学抑制剂对BRCA1/2突变患者的乳腺癌治疗有效。因此，新的、负担得起的、全面的技术筛选这些突变对于确定靶向治疗的患者候选人至关重要。”

研究人员使用了一种称为长距离PCR的技术，从12名家族性乳腺癌患者的DNA中产生了扩增的BRCA1/2片段，称为扩增子。扩增子使用深度测序进行筛选，也称为下一代测序(NGS)，它允许同时筛选数百万个DNA分子，从而大大提高了速度和吞吐量。传统的筛选方法仅针对BRCA1/2的外显子，而深度测序可以筛选整个基因组区域，包括内含子和非翻译区域。这些标本以前是用常规方法分析的，以便对结果进行比较。

除了鉴定出由于人为错误而遗漏的一种遗传变异外，新方法还成功鉴定出所有预期的BRCA1/2变异。他们发现了外显子和外显子/内含子边界变异。该测试的成本非常低，周转时间为12天。Ozcelik博士指出:“远程PCR工作流程的关键优势之一是能够直观地检测大型基因组复制、缺失和插入。”“当与下一代测序相结合时，远程PCR可以成为临床环境中检测BRCA变异的有力工具。我们的方法以非常高的准确性确认了变异的存在，并且没有假阳性结果。”

远程PCR和下一代测序鉴定了广泛的BRCA1/2内含子变异，包括常见的和罕见的，它们单独或联合可能影响BRCA1/2的功能。Ozcelik博士指出，尽管样本量很小，但数据显示，可以从家族性乳腺癌患者中识别出的变异的数量、类型和频率存在很大差异。

Ozcelik博士说:“我们现在面临的挑战是建立分析方法，系统地调查这些更全面的数据，以便为疾病的临床管理提供更好的风险信息。”“考虑到从每位患者获得的广泛的遗传信息水平，可以在乳腺癌患者中构建与人群对照相比的档案，以产生更有效的方法来产生与brca1 /2相关的个体及其家庭风险。