网上有关“滑窗：二代测序中你应该科普到的知识点”话题很是火热，小编也是针对滑窗：二代测序中你应该科普到的知识点寻找了一些与之相关的一些信息进行分析，如果能碰巧解决你现在面临的问题，希望能够帮助到您。
现在有一个需求，假如在 重测序中，需要统计样本1 的bam(比对文件)里哪些区域内的测到的reads比较多？
其实原需求是统计拷贝数变异，但是拷贝数变异在二代测序中就是统计测序reads的深度信息。
测序得到的比较多的reads，就容易得到两种结果，一种是该区域随机测的比较多，另外一种也是我们想要的，那就是这个区域是 结构变异中的拷贝数变异 。
（如果在 RNA-seq中，测序的是cDNA，那么测序得到的reads的区域越多，那就是该区域的基因表达的高 ，可是在重测序中，没有基因的位置这一统计单位，就算我们从gtf中找到了，这样的统计也是没有实际意义的， 因为我们找的是拷贝数变异的区域，这个区域不一定必须以基因为统计单位，也可能是内含子/基因上某一段重复 ，也可能是基因的某一些区域重复）
有的人会说，那把每一个碱基的测序次数，也就是深度信息统计出来，然后 用（位置信息~测序深度）画图 ，肯定能找到测序相对较多的区域。实际上就是这么回事，如果1-100bp的碱基上每一个测序到了20X，100-200bp的碱基每一个测序到了10X，那么画图后，很明显的就能出现一组碱基在二楼（纵坐标为20），一组碱基在一楼（纵坐标为10），我们可以很好的处理数据，来得到那个二楼的区域。
但是实际测序中，并不是这样，你画出来的深度图的y轴的点必然忽上忽下，看看igv的覆盖度就能猜到。最起码你的图也是一个波动性的图，也就说明用一个碱基一个碱基的深度来统计拷贝区域是不现实的，因为你要考虑到测序reads所带来的碱基深度的波动性。
虽然上面的想法失败了，但是我们也能明白，我们要找的并不是一个碱基突然的覆盖率高，即测到的深度高，我们需要的是一个区域。
这样好得到一段序列的拷贝数异常，异常有重复，也有缺失。
也就是说，大部分深度测序均为1X，有的为2X、有的是0.5X（相信大家应该看过变异检测里CNV深度的那张图，或者自己项目结题报告内的覆盖度的那张图）
滑窗也是一个算法，当然还有其他算法可以用。要么就是说，挨踢最难学的就是算法。每一个软件都有一套自己的算法~
虽然我觉得你可能看不懂，但是你还是硬着头皮看一下，其实就那么回事。接下来，来了解滑窗~
题目 ：假如第一条黑线是基因组的chr1染色体的1-20K区域，第二条黑线是基因组的chr2染色体的1-25K区域，橙色为覆盖度，点越高，代表所对应碱基测序到的reads条数比较多。
思考 ：看图，我们把橙色区域进行划分，按照中间的断点分为3个区域，
我们再假如:
窗口思路解决 ：比如我们从1bp-10k bp之间为一个bin，也就是一个窗口，那么我能统计出来这个窗口的reads的比对的每一个碱基的深度：
接着求出10k+1 bp到20k bp间所有碱基的深度和，也用公式来做，定能找到哪个平均深度数值比较高的。
疑问 ：这个时候，你会有一个疑问，万一某个区域，深度确实很高，但是被定义的bin拆给了两个区域，平均后，反而找不到那个高深度的测序区域了。
滑窗 ：所以我们可以用10k为一个窗口（即bin），5k为一个步移，滑动窗口的来统计，那么1-10k为一个bin，5k-15k...；同理我们还可以以5K或者20K为一个bin，步移也可以自定义。当我们得到了我们的区域，肯定间隔都是bin长度的，接下来我们还可以合并我们找到的异倍体区域。
弊端 ：我们只能按照步移的单位，来统计CNAs的区域，这样的单位都是k，我们并不能定位到某一个位置的碱基。
除非你的步移为1bp，但是也应该很慢，或者想到一个 更好的算法，或者找到一个算法/软件 。
但是 ：如果你要的知识基因的CNAs，那么就没必要精确到碱基，有一个大概的区域，把区域的基因名提取出来就可以，即使某基因部分区域落在该区域。
能用软件做同样的需求，用软件；
能用R包的函数，就用函数！
少儿科普书籍有哪些
鸟欲高飞先振翅，人求上进先读书。 学习英语 ，需要把陌生的单词片语和句型语法不断的熟悉和熟练，使之成为我们的一种习惯。重复重复再重复，熟练熟练再熟练，是学会英语的不二法门。下面是我给大家整理的一些 四年级英语 的知识点，希望对大家有所帮助。
四年级英语语法知识点
第一：单数的 句子 变成复数的句子
把单数的句子成复数的句子很简单：变法是把能变成复数的词变成复数，但a或an要把去掉。特殊疑问词、形容词、国家及地点通常不变。
把下列句子变成复数
1、I have a car we have cars
2、He is an American boy. They are American boys
3、It is a car They are cars
4、This is an eraser These are erasers
5、That is a backpsck Those are backpacks
6、I'm an English teather We are English teathers
7、It's a new shirt They are new shirts
8、He's a boy They are boys
9、She's a singer They are singers
10、What's this in English? What are these in English?
第二：就划线部分提问
就划线部分提问的变法：
1、先根据划线部分找到特殊疑问词。
2、 再把没划线的部分变成一般疑问句的语序。
3、 特殊疑问词通常有：what/ where/ who /whosc/ how/how old/ what colour/ what class /
what grade/what row/what school
四年级下册英语语法知识点：一般现在时
一般现在时的功能
1.表示事物或人物的特征、状态。如：The sky is blue.天空是蓝色的。
2.表示经常性或习惯性的动作。如：I get up at six every day.我每天六点起床。
3.表示客观现实。如：The earth goes around the sun.地球绕着太阳转。
一般现在时的标志词：often, usually, sometimes, every等
一般现在时的构成
主语+动词原形。
如： We study English. 我们学习英语。
当主语为第三人称单数(he, she, it，my father等)时
主语(三单)+动词的三单形式(要在动词后加
如：Mary likes Chinese.玛丽喜欢汉语。
一般现在时的变化
否定句：主语+ don't( doesn't ) +动词原形(+ 其它 )。 如： I don't like bread. He doesn't like bread, too.
一般疑问句：Do( Does ) +主语+动词原形+其它。 如： Do you go to school by bike? Yes, I do. / No, I don't.
当主语为第三人称单数时，要用does构成一般疑问句。 如： Does she go to school by bike? Yes, she does. / No, she doesn't.
特殊疑问句：特殊疑问词+一般疑问句。如：How dou you go to school? How does your father go to work?
动词的第三人称单数的变化规则
1.一般情况下，直接加-s，如：cook-cooks, make-makes
2.以s. x. sh. ch. o结尾，加-es，如： wash-washes, watch-watches, go-goes
3.以“辅音字母+y”结尾，变y为i, 再加-es，如：study-studies 但play-plays
不规则变化：have-has
英语学习 方法 技巧
呈现式。
美国 教育 专家布鲁姆主张要学会用结构的观点去分析和研究教材，指导 学习方法 ，给学生主动学习的“拐杖”。以小学英语教材第一册Unit4Hello“Lesson10”为例子，教学模式可以分两阶段来设计。第一阶段教、学“结构”阶段，先教学生“Hello”、“I’m…”这两个词汇，让学生慢慢感悟， 反思 学习过程，找出规律：“A: Hello, I’m A. B: Hello, A. I’m B.”，归纳出相同的学习方法：①学会单词，②会读句子，③搞清对话的对象感。这一阶段教学进度较慢。第二阶段，已有的知识结构和学习方法成了学生自主学习的“拐杖”，通过迁移，运用多种教学形式让学生自学这一个句型。学生不仅学会了这个句型，也初步了解了句型操练的要求，为以后的对话教学做好了铺垫。一个个“结构”设计的连接，构成了学科的知识结构链和相关的学习方法结构链。久而久之，学生对英语对话的感知、理解和运用结构的方式去解决问题的能力得到提高，真正实现把课堂还给学生。
对比式。
语言 文化 背景的不同，对语言产生巨大的影响。英语和汉语相比，具有潜在的观念差异以及心理因素、社会习俗造成的文化差异等等。因此，学习英语一定要深入学习英语国家的文化背景，并在交流中自觉运用，才能使交流达到水乳交融。如：《OK手势》，介绍OK手势的来历及象征意义;《如何正确地使用刀叉》，介绍为什么西方人喜欢使用刀叉以及在吃西餐时如何正确地使用刀和叉等礼仪;《典型的美国汉堡包》，介绍汉堡包的来历和做法;《四月的 愚人节 》，介绍愚人节的来历及西方人过愚人节的几个事例……。通过让学生了解外国文化、异域风情，不仅拓展了学生的知识面，而且开阔了他们的视野。
引导发现式。
小学生对于单词是会读了，但还没有辨音的意识，因而辨别能力还不强。对于单词中的元音、辅音字母该发什么音，不同单词中相同字母或相同字母组合的发音是否一样，还没有确切的认识。因而在语音教学时，只能以教师引导，学生发现为主，在读音正确的基础上猜猜看、说一说，跟着感觉(也就是所谓的语感)走，让学生自己体验成功的快乐。这种方法尤其适用于辅音的辨音，如： book、bike、bird、bed，学生一读就会发现字母“b”在这些单词中的发音为/b/。成功之后的感觉尤为激动，记忆的效果也尤为深刻。
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科普小报内容怎么写
在这个科学的世界里，有无穷无尽有趣的知识等着他们去探索。下面是我整理的少儿科普书籍有哪些，欢迎参考。
少儿科普书籍有哪些
1《小小牛顿幼儿馆》
很多怀有“理科崇拜”“知识崇拜”的文科生妈妈，都一直很担心孩子遗传自己的理科因子，企图从小就植入科学知识。这套针对0-7岁的科普书缓解了她们的焦虑。关键是，这些科普真的很简单哦，和日常息息相关。比如小朋友想自己盖房子要怎么设计，为什么海边能捡到贝壳，球掉到水里了可以怎么做……
2《神奇校车》系列
家长们一直很担心孩子对科学有恐惧或者科学知识很薄弱，这套引进版太及时了，在网上的热卖已经证明各种吆喝了，配套产品也多，还有DVD，能把这套都吃透，孩子的科学基础已经没问题了，关键是可以保证孩子一定会喜欢的，你也会。
3《第一次发现丛书手电筒》系列
手电筒系列是第一次发现丛书中最有意思的一个系列，书里夹着一种透明的纸，印在后一页的黑色画面上，再用随书附赠的纸质手电筒照亮了看，立刻有了寻宝的感觉。妈妈可以和孩子一起去寻找细节，比如森林里的动物，夜空上的星球，山洞里的壁画。不仅看书的形式好玩有趣，还可以锻炼孩子的观察能力。它包括好几个主题，好玩的动物、神秘的宝藏、神奇的自然等。
4《妙想科学》系列
用生动的方法告诉孩子的科学知识可以记得更牢，这个道理很多人都懂，妙想科学更是贯彻到底：比猎豹更快的是俯冲的老鹰，比老鹰更快的还有喷气式飞机，比喷气式更快的呢?就是光，光就在我们身边生活中的每一处。这是我家点击率超高的一套书。
5《法布尔昆虫记》系列
《法布尔昆虫记》很多人都看过，做成绘本之后一样有意思。特别是喜欢自然百科类的孩子，捧着这本书就像进入了神奇的大自然。绘本《昆虫记》把原本的故事简单化，不同的虫子在画面上栩栩如生，简直下一秒就要爬出来跟孩子互动了。
6《哲学鸟飞罗》系列
什么，跟一个3岁的孩子讨论哲学?可我们的教育不是从小就当基础哲学这块不存在吗?问题是，你刻意忽略，不代表孩子不会主动涉及。虽然作者是写给6岁小朋友看的，但像为什么会死、为什么要遵守规则、为什么没有钱之类的话题，不也是三四岁孩子会提出来的吗?最棒的是，它给你提供了讨论的方法，免得被孩子问傻了。
7《从小爱科学》系列
飞机是怎么飞起来的?天空中为什么会有彩虹?船为什么能在水中浮起来?空调为什么要安装在房间的上面?当孩子切换成“为什么”模式，不少妈妈开始心虚了吧?从小爱科学这套书的好处就在于，能帮爸爸妈妈们解释孩子们的疑问，还用的是讲故事加看图画的形式!其实这套书的知识点还是蛮深的，如果要深入读，孩子至少要5岁以上，里面还有些实验呢。
8手绘本《自然图鉴》系列
这套书有个最大优点：美!日本人就是精细，用手绘的方式来做科普。全套书包括《我们的花草朋友》、《我们的果树朋友》、《我们的莓子朋友》、《我们的蘑菇朋友》、《我们的海滨朋友》，可以培养孩子对植物和海洋生物的兴趣。我很喜欢讲这套书，因为我们当大人的，已经对植物什么的，完全麻木了。你能说出多少种植物?我们对植物知之甚少，可能它们对人类却了如指掌呢。
9《科学全景图》系列
这套书一共有8本，包括《飞机的秘密》、《恐龙的世界》、《人体的奥秘》、《美丽的海洋》、《神秘的雨林》、《浩瀚的宇宙》、《惊人的记录》和《神奇的地球》，跟其他科普书相比，它的最大特点是每本书都有一张超大插图，超过一米长，可以用非常宏观的方式来让孩子建立一个知识上的坐标系，你见过把自由女神、埃菲尔铁塔、台北101、恐龙、长颈鹿……等所有东西放在一起比赛谁更高吗?
10立体书《看里面低幼版》系列
立体书最厉害的一点在于，可以把最枯燥的知识做成互动型，这样就有游戏感和娱乐性了。这个系列有四本，《揭秘汽车》、《揭秘机场》、《揭秘科学》、《揭秘农场》，可以根据宝宝的兴趣选择，鼓励宝宝对书翻来翻去、拉拉扯扯，在玩耍间，相当于上了百科知识课!我们家《揭秘机场》这本，已经被唯唐玩坏了。
少儿科普书籍有哪些
1.《少年时》：《少年时》的撰稿人是全球各个领域最顶尖的科学家、最前沿的学者，提供当下最酷、最领先、最热门的主题。文中充满着科学家们那些有前瞻性的观点，侧重讲解科学家的思考过程，跟一般科普书不一样，它是每月一次的“深度阅读”，一个主题下有10多篇文章从不同角度、多个层次去讲解，呈现它在不同学科领域的情况。
2.《我的第一本地理启蒙书》：《我的第一本地理启蒙书》讲述的所有的问题，哪怕是常识，也可以抛弃下结论的'方式，变成有趣的探索。从身边的方向、距离和相对位置，到脚下这片土地，再到我们圆滚滚的家——地球，层层剥茧，由易到难。读完这本书，孩子们会获得很多实用的地理常识和地理思维，甚至比很多大人都厉害。
3.《我的探险笔记》：《我的探险笔记》讲述的作者驾车自驾进藏，先走滇藏线，再走川藏线，然后从青藏线回，途径9个省份，全程8000余公里，攀登海拔5396米的哈巴雪山，作者以实地探险为写作材料，在写作中加入了大量野外探险的生存知识，也提供了关于探险地的历史人文知识点的笔记讲解，有利于读者学习野外生存。大量实景照片，让读者能身临其境感受到野外探险的魅力。作品帮助孩子树立阳光性格，有助于少年儿童的健康成长。
4.《DK机械运转的秘密》：《DK机械运转的秘密》讲述的是小树懒斯洛瑟和小老鼠森吉是一对儿亲密无间的好朋友，他们在这座动物园一起长大。他们所生活的围场对于兄弟俩而言再熟悉不过了。坦白讲，这对儿密友已经厌倦了这里，因而开始谋划着一场大逃亡。通过故事情节，巧妙地将知识和游戏融合在一起。小朋友们可以随着情节发展，自己动手组装书里的机械，或者跟着提示进行奇妙的体验哦。
5.《环球少年地理》：《环球少年地理》是美国《国家地理·少儿版》的中文版，《环球少年地理》秉承美国《国家地理》杂志“探索世界、关爱地球”的理念，以自然、科学作为主要内容，从孩子的视角、以趣味的笔触，通过精美的和扣人心弦的故事向小朋友们讲述自然界里最有趣的人和事，让孩子们对这个世界充满好奇，鼓励启发他们探索身边的世界。
6.《神奇校车》：《神奇校车》是美国国家图书馆推荐给所有学龄前儿童和小学生的课外自然科普读物，也是全美最受欢迎的儿童自然科学图书系列，曾荣获波士顿环球图书奖，美国《教育杂志》非小说类神奇阅读奖。
7.《妙想科学》：《妙想科学》的作者是罗伯特·E·韦尔斯，美国籍儿童画家，罗伯特·E·韦尔斯一直以来坚持儿童画作创作，日常的工作包括标志画创作、贺卡设计和漫画创作等。通过画笔，罗伯特·E·韦尔斯让孩子们了解到宇宙的辽阔。
8.《十万个为什么》：《十万个为什么》大家都比较熟悉，也是我们阅读的比较多的书籍，该书籍是新中国几代青少年的科学启蒙读物，已经成为中国原创科普图书的第一品牌。它在传播知识、普及科学方面发挥了积极的作用，影响几代青少年走上了科学的道路。受其影响，冠以“十万个为什么”的图书层出不穷，成为少儿科普类图书的代名词。
9.《科学启蒙》：《科学启蒙》是由湖南师范大学出版社主办的儿童类科普类期刊。通过丰富多彩的图画，简洁的语言向小读者讲解通俗易懂的科学知识，将孩子们引入奇妙的科学世界。
10.《看不见的森林》：《看不见的森林》是一本森林观测笔记。在这本书里，一位生物学家以一年的时间为主线，在每次的观测中，为读者揭开藏在森林一平方米地域里的秘密。在这本完全原创的书里，生物学家大卫以一小片森林作为整个自然界的缩影，向读者生动地展示了这片森林和居住其中的栖息者的生活状况。
科普小报内容怎么写如下：
1、科学基础知识：科学基础知识是手抄报的重要组成部分，可以包括物理学、化学、生物学、天文学等方面的知识。例如，力学基本概念、分子和原子结构、生物多样性等。这些知识点可以通过图文并茂的方式进行展示，使读者更加深入地了解科学基础知识。
2、科技进步与人类发展：手抄报可以介绍一些重要的科技进步和其对人类发展的影响。例如，电的发现和应用、互联网的普及和发展、人工智能的崛起等。这些内容可以展现科学在人类社会中的重要作用，并让读者意识到科学对人类生活和未来发展的重要性。
3、科学与生活：科学与生活密切相关，手抄报可以介绍一些日常生活中的科学知识，例如食品添加剂、环保知识、健康知识等。这些内容可以帮助读者更好地理解科学在日常生活中的应用和作用，激发读者对科学的兴趣和好奇心。
手抄报的意义：
1、手抄报可以让我们更深入地了解中秋节的起源和传说。通过手抄报，我们可以了解到中秋节的起源可以追溯到古代的月神祭祀，以及“唐明皇游月宫”等美丽的传说。这些知识和故事不仅让我们更好地理解中秋节的背景和历史，还可以让我们更深刻地感受到传统文化的魅力。
2、手抄报可以让我们更好地体验中秋节的习俗。通过手抄报，我们可以了解到吃月饼、赏月、赏桂花等习俗，并亲自参与到这些活动中。这不仅可以让我们更好地体验中秋节的氛围和乐趣，还可以让我们更深刻地感受到传统文化的内涵和特点。
3、手抄报可以让我们更深入地领悟中秋节的内涵和精神。中秋节强调了家庭团圆和亲情的重要性，也展现了人们对幸福生活的向往和追求。通过手抄报，我们可以更深入地领悟到这些内涵和精神，并思考如何在日常生活中更好地体现和传承这些价值观和精神。
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